继上一次的怪兽高燃对战之后，金刚和哥斯拉将再度联手对抗一个潜伏在世界中的巨大威胁，并逐步探索这些巨兽们的起源以及骷髅岛等地的奥秘。同时，上古之战的面纱也将会被揭晓，而正是那场战斗创造出了这些超凡的生物，并深刻影响了人类世界的命运。

影片围绕间谍小说作家叶利·康韦的作品展开。叶利的小说讲述神秘特工阿盖尔及其瓦解全球间谍集团的任务，而小说中的情节却意外开始与真实间谍组织的秘密行动出现惊人的一致。在特工艾登的陪同下，叶利带着猫咪阿尔菲穿越世界，竭力赶在间谍组织的杀手们行动之前化解危机，此时小说的虚构世界与现实之间的界限开始变得模糊不清。随之而来的是一场跨越全球的冒险。

布拉德是一名超级国际特工，从无败绩，但是他厌倦了打打杀杀的生活，希望回归普通人的世界过上“正常”日子。一次偶然事件中，他邂逅了美丽活泼的女兽医维罗妮卡并一见钟情。布拉德尝试退出间谍生涯并积极尝试和维罗妮卡走到一起，但是当一个反派特工偷了几枚高超音速导弹并绑架了他的女友，布拉德又必须去拯救世界了。

在美国洛杉矶有一个专供卡通人物居住的“图恩城”，卡通明星兔子罗杰（ 配音）怀疑妻子杰西卡（凯瑟琳·特纳 配音）有外遇，拍戏时常常走