沿海小城，年轻警官杨家栋初来乍到，恰遇城建委主任唐奕杰坠楼身亡。杨家栋遂展开调查，发现唐奕杰坠楼案与和他关系甚密的紫金企业负责人姜紫成，还有几年前紫金企业合伙人阿云失踪案都有着密切的关系。杨家栋调查中惨遭革职、追杀，一路逃往香港，途中与死者女儿小诺意外邂逅，并在小诺的协助下继续追查，浑然不觉自己正落入一个纯情陷阱……

作为亚洲金融中心的香港被称作“最安全的城市”，岂料警局接到一通匿名电话，对方声称劫持了警队的一辆前线冲锋车以及车内的五名警员和武器装备。此次事件引起了香港警队高层的高度重视，适逢处长出访国外，此时由鹰派人物行动副处长李文彬与年轻的管理副处长刘杰辉一起负责这次案件，并将行动命名为“寒战”，李文彬任总指挥。李文彬的儿子也是人质之一，刘杰辉因此对李文彬父子产生怀疑。与此同时，匪徒展开了进一步行动：警察被杀、爆炸案频发……到底是谁在将整个警队玩弄于鼓掌之中？香港真的是“最安全的城市”吗？

马来西亚发生高危的变种传染病，医生大胆给自愿病人使用未经官方测试认可的新药。当地一新闻记者突然堕楼身亡，接连药业公司AMANAH的创办人兼董事长的儿子离奇自杀后，其妻急赴香港，警长李永勤（张智霖 饰）与香港警察王大伟（吴镇宇 饰）合作追查。王大伟收到一条视频，里面自称「泄密者」的神秘组织透露了药业界的黑幕，更指控AMANAH藉着瘟疫大发灾难财。「泄密者」邀约香港日报记者阮嘉岚（佘诗曼 饰）会面。李永勤和王大伟追踪到阮嘉岚与洩密者的见面地点⋯⋯

故事时间则设定为前作的五年之后，亚瑟已然选择金盆洗手，与挚爱吉娜（杰西卡·阿尔芭 饰）隐姓埋名地共度美好人生。然而像亚瑟这种高手想要全身而退谈何容易，反派最终绑架了吉娜来要挟亚瑟，让他去杀三个人。所谓敌人的敌人就是朋友，亚瑟随后便与刺杀名单上的麦克斯（汤姆·李·琼斯 饰）结成同盟，一同对付他们共同的对手。

五年远离是非的生活风平浪静，亚瑟以为自己已经和过去的杀手生涯告别，然而宿命难敌，竟然有人暗中盯上了他，亚瑟的身世之谜也浮出水面。原来，他年幼时和一群孩子被军火商抓去，训练他们玩枪、杀人，难以忍受的亚瑟从军火商手中逃脱，而他的一位小伙伴长大后却成了军火商的接班人，也是影片中的最大反派。 这位反派找到了亚瑟，并绑架了他的挚爱吉娜，要挟他去刺杀三个世界上头号危险人物。为了他和他的爱人能够逃脱，亚瑟被迫再度从事刺客工作，他必须在有限的时间内完成一系列不可能的刺杀任务。 亚瑟深知反派的残暴，最终一定不会放过自己，在

轰动全港的林氏家族凶杀案踏入审讯最后一天，陪审团准备退庭商议时，成员之一许立生（张家辉饰）突然收到女儿茵茵（艾米饰）被绑架的消息，神秘人要求曾为国际催眠权威的立生通过催眠术令陪审团裁定被告谋杀罪名成立，否则其女儿将被撕票。

　罗汉是个盲人，但他对生活积极向上的态度让他跟平常人没什么两样。经人介绍，他认识了独立自信的盲人女孩苏皮莉亚。本来不想结婚的苏皮莉亚在罗汉的带领下慢慢意识到了幸福是存在的，现实生活中两个负也可以得正。 　　本应该“从此幸福生活在一起”的他们却在人生中遇到了最大的考验，第一次感觉到了自己是软弱的。 　　两人到底遇到了什么事？罗汉会不会证明自己的爱是强大的？反正我看完后又一次相信了爱情。

身怀绝技、出手不凡的陈子龙（甄子丹 饰）是潜伏黑道多年的卧底，作为老大长毛雄（邹兆龙 饰）的左膀右臂，他的身心承受巨大压力，加上老大已对他升起疑心，威胁子龙妈妈的性命（鲍起静 饰），他急切希望复职，退出黑道。这一次，雄哥派子龙前往内地查探组织成员Sunny罗志伟（安志杰 饰）的虚实。Sunny出身美国唐人街，早年曾跟子龙混迹江湖，但逐渐做大的他暗中黑了雄哥的货。另一方面，子龙的上司张Sir（郑中基 饰）以复职为交换，同样命子龙调查Sunny。谁知内地之行凶险非常，Sunny为人狡猾毒辣，而与内地警方的配合

重案组“破案之神”庄士敦 （刘德华 饰） 四年前意外失明，离职後以侦查悬赏旧案拿花红为生。他耗时九个月锁定“旺角腐蚀性液体伤害案”嫌疑犯，岂料行动中身陷险境，幸得身手了得的女警何家彤 （郑秀文 饰） 及时相救，成功脱险。 何家彤对庄士敦出神入化的查案手法一见难忘，二人开始合作查案，何家彤更拜托庄为她寻找已失踪十多年的学妹小敏。庄运用奇特的“瞎想”，找出两名嫌疑犯，其中一人是当年彤的邻居祖，怀疑他为情杀害了小敏；另一人是怀疑与十多年前多宗女性失踪案有关的连环杀手。线索一一浮现，然而就在庄与彤全力追查之际，案

因儿时亲眼目睹父亲被毒品所毁而嫉毒如仇的慈善家兼金融巨子余顺天，正悬赏一亿歼灭香港最大毒贩，此举在社会上引起轩然大波。警员林正风本致力搜证拘捕地藏，毒贩却因巨额悬赏导致人身安全受威胁，他在执行保护毒贩的任务时深感无奈，但又被余顺天的出价所诱惑，陷入黑白正邪的心理挣扎。