因为一护的缘故，空座町第一高中的门口围满了前来闹事的不良少年，作为学生会会长的石田出面却让事情变得更加棘手。得知石田遇袭之后一护与织姬立即赶往医院，看着身边同伴们所受到的伤害，为了保护同伴与家人，他拨通了银城空吾留下的电话。在一护不知道的地方同伴们陆续受到伤害，而知道茶渡消失后他更急于找到银城空吾，来到xcution后银城向他展示了“完现术”，为了获得保护同伴的力量，一护终于有了当回死神的觉悟。想要取回死神之力的他必须先学会完现术，一护在娃娃屋中完成了训练，完现术者们逐一战败，还在战斗的只剩下了一护与银城

3000万年前，一股黑暗力量使世界陷入恐惧。最后是光之巨人将黑暗封印到了遥远的宇宙中。不过，光之巨人也用尽了自己的力量，在红色星球上陷入了长眠。时光流转，地球和平同盟“TPU”在地球组建了精英小组“精英胜利队”。主人公真中剑悟生活在新开拓的火星上，他有一个梦想，就是守护大家的笑容。剑悟平日里在植物研究中心工作，他是名植物学家。最近他总是重复做一个恶梦，梦里总出现一名神秘的巨人，这让他十分苦恼。有一天，超古代封印的黑暗突然再次来袭，打破了火星安稳宁静的生活。当火星的街道被怪物破坏时，剑悟在命运的引导下，和沉

2060年，世界组织为解决各种超自然危机，在全球范围内挑选精英特工组建了危情局。危情局又挑选精英中的精英，组成一个王牌小队，取名为魅影。三年前，在一次接收宝物的任务中，由于队长昊远的轻信，导致了魅影小队被戴瑞克小队偷袭，几乎全员阵亡。昊远自己也被戴瑞克栽赃并落入悬崖。然而，目标宝物-永生石意外进入昊远体内，使他死而复生，还获得了操控时间的异能，拥有了时间静止、时间倒流等超能力。我们的主人公从此开始过上了逃犯的生涯。昊远不愿面对过去，选择隐姓埋名，过着平淡的生活，一心守护着战友的妹妹-顾小溪。可天意弄人，Y

在遥远的过去，因开采无限能源而招来涅伽尔的侵袭、流亡至地球的异星幸存者，为地球创造了神代遗迹及文明并延续至今。当地球面临同样的危机时，封存在遗迹中的巨大机器人苏醒，为了寻找在涅伽尔袭击中下落不明的姐姐，李星澜志愿加入了最前线的AG部队。

剑悟变成特利迦奥特曼，为了守护大家的笑容，在永恒核心里消失了。时间推进到特利迦消失的两年后，时冈代理队长率领精英胜利队想方设法复活在永恒核心中消失的真中剑悟。在众人的不懈努力下，终于复活了剑悟。剑悟复活后取回了特利迦的力量，结果在面对新的怪兽时，陷入了苦战。就在特利迦难以招架的时候，泽塔奥特曼跨越宇宙次元，再次来到地球前来帮助特利迦。没想到随着事情的发展，遥辉发现了事情的背后居然浮现出了宿敌赛雷布洛的影子，于是，遥辉开始追查赛雷布洛的踪迹。三千万年前超古代人的残党，他与赛雷布洛联手，试图获取剑悟的光之力量

剑悟变成特利迦奥特曼，为了守护大家的笑容，在永恒核心里消失了。时间推进到特利迦消失的两年后，时冈代理队长率领精英胜利队想方设法复活在永恒核心中消失的真中剑悟。在众人的不懈努力下，终于复活了剑悟。剑悟复活后取回了特利迦的力量，结果在面对新的怪兽时，陷入了苦战。就在特利迦难以招架的时候，泽塔奥特曼跨越宇宙次元，再次来到地球前来帮助特利迦。没想到随着事情的发展，遥辉发现了事情的背后居然浮现出了宿敌赛雷布洛的影子，于是，遥辉开始追查赛雷布洛的踪迹。三千万年前超古代人的残党，他与赛雷布洛联手，试图获取剑悟的光之力量

继百特星人后，恶劣宇宙人美菲拉斯星人、冷冻星人格罗扎姆、策谋宇宙人帝斯雷姆、恶霸宇宙人帝国星人、地狱星人希波利特星人组成地狱五天王。假扮成奥特之母的希波利特星人被赛罗识破计划失败被强力日冕赛罗打败，接着帝国星人、泰兰特、格罗扎姆、帝斯雷姆一起进攻赛罗。但被赶来的詹伯特、詹奈、红莲火焰、镜子骑士相救。赛罗在怪兽墓场打败绑架皮古蒙的美菲拉斯星人后与身穿暗黑铠甲的贝利亚进行苦战但不敌贝利亚，强壮日冕赛罗和其战斗打了个平手，最后终极力量赛罗将其击毁，结果从铠甲中黑暗能量，使赛罗的身体被占据变成暗黑赛罗。暗黑赛罗杀

林鸿拉拢叶星河加入神海阁不成，对学员营地发起袭击。此时，王府侍神卫闻讯出动，围剿神海阁。为兄弟，叶星河不惜与侍神卫为敌。为不拖累叶星河，林鸿选择跳崖。叶星河虽然全身而退，却在不久后，遭到天星学院除名。回到青羽世家，赵氏前来滋事，宣称要接管青羽世家的矿脉。叶星河据理力争，双方族长签下字据，叶星河将与赵炎同台对决，败者将让出管辖的矿脉。叶星河不负众望大胜赵炎。夺矿未果，梁项派出杀手意图除掉叶星河这个眼中钉。叶星河与夏雨凝在蓝鲤湖畔迎敌，无意间惊动了湖心岛的天织妖兽，杀手为求自保撤退。与天织妖兽一同封印再此的妖

曾被光之国封印在宇宙监狱中的邪恶战士——“贝利亚奥特曼”，利用扎拉布星人成功越狱，并发誓要复仇！他夺取了奥特曼战士的生命之源：人工太阳的核心、以及禁止使用的神器“千兆战斗仪”，企图复活并控制怪兽墓地里的100头怪兽和宇宙人。失去力量的奥特曼们被冰封在沉寂的光之国……与此同时，遥远的K76星上，被誉为最有潜力的年轻奥特战士正在进行严酷的特训。谁？能够最终战胜邪恶，恢复宇宙的和平呢…

本作是奥特曼系列作品中有赛罗奥特曼（声优：宫野真守）登场画面的总集篇，2017年4-6月份作品片尾将有一个3分钟的新内容——《奥特欧布格斗》。该作讲述的是赛罗奥特曼与他的宿敌贝利亚奥特曼等强敌对战的故事。