故事将来到新加坡，讲述寻找19世纪末随着沉船沉入海底的蓝宝石“绀青之拳”的故事。故事中，柯南和怪盗基德被卷入滨海湾金沙酒店的杀人事件中，一场来自新加坡的巨大阴谋将他们裹挟……

城市守护者黑猫警长在听说一只耳越狱出逃的消息后，立刻组织追捕。可这次追捕行动却被意外出现且拥有强大超能力的坏蛋大猿先生所破坏。隐隐有不详预感的黑猫警长在深入调查后发现，一只耳和大猿先生早已狼狈为奸，并计划着利用“翡翠之星”航天博物馆的开幕式，启动会飞的博物馆”翡翠之星”，把全城居民统统流放去宇宙！为了阻止坏蛋的行动，黑猫警长必须赶在他们之前拿到启动飞船的能源。

小智和皮卡丘等一行伙伴在旅途中前行。某日，宝可梦波尔凯尼恩从天而降并被迫与小智锁在了一起。波尔凯尼恩与被人类伤害过的宝可梦们共同生活，因此非常讨厌人类，但这条神奇的锁链却让他们无法分开，奇妙的故事就此开始。小智与皮卡丘又将一起开始新的冒险…… 另一方面，在超级机关城市阿佐特王国，大臣贾维斯得到了常年追求的终极发明——500 年前诞生于阿佐特王国的人造宝可梦玛机雅娜。据说在玛机雅娜体内，有被称为 “魂心”的未知力量，贪婪又邪恶的贾维斯企图利用这股力量来统治王国。小智和波尔凯尼恩将会如何化解彼此的嫌隙？波尔凯

工藤新一，米花高中二年级学生，与小兰是青梅竹马，两人感情很好。继承了父亲的超强推理能力，被誉为高中生名侦探。他喜欢看推理小说，最崇拜福尔摩斯，另外踢足球的水平也是一流。不幸被卷入黑衣组织的交易被灌下毒药APTX4869，但是没有死，只是变成了小孩，改名江户川柯南（取自两个侦探小说里的人名）。幸亏智力没有衰退，还可以帮着毛利小五郎办案以寻找黑衣组织的线索，而体力上的不足靠阿栗博士的发明来弥补。变小后就读于米花小学1年纪B班，认识了步美、元太、光彦三人，还成立了少年侦探团。不管是变小前后，都是音痴，唱歌走音非

互相帮助，争取成为一个彻底的小市民吧。小鸠过去因为喜欢进行被他称之为“动脑子”的推理活动，有过一段苦涩的经历，这让他决心成为一个谨小慎微的小市民。他和有着同样志向的同学小佐内结成了互帮互助的密切“互惠”关系，准备以小市民的身份迎接崭新的高中生活。但不知为何，不可思议的事件和灾难接连不断地降临到他们的校园生活中。小鸠和小佐内到底能否得到梦想的小市民安稳生活呢？

小杰自小在鲸鱼岛长大，与米特阿姨和阿婆相依为古装剧。性格开朗的他，有着能与动物沟通的灵性。因为无父无母，小杰将米特阿姨当作自己的生母爱着。直到9岁那一年，小杰在森林里被一个青年男子搭救。从他口中小杰得

四位小神探通过对神秘电话的追踪和调查，成功解救了被绑架的小亨，但钻石却落入黑衣人之手。他们跟踪黑衣人来到柢酷星球，却发现柢酷星球此刻正在遭受一群怪鸟的侵袭。小神探们调查后发现这些鸟类来自蓝塔星球，于是四人又来到蓝塔星球，发现这里的居民正在遭受怪水的困扰。四人经过几番勘察，终于发现了白色怪花的秘密。

木木豆、阿布豆、卤豆三人在四人事务所闲来无事，却发现糖豆“离奇失踪”。正当他们焦急之时，糖豆却悄然出现。与此同时，喵呜副警长带来了新案件。在四位侦探的共同努力下，“天台坠楼案”、“名画失踪案”、“江湖术士案”、“神秘绑架案”等案件一一告破。此时，绑架案的受害者小亨却再次失踪，他的父亲则接到了一个神秘的电话。背后的真相究竟是什么？四位侦探继续齐心协力，拨开迷雾，解开谜团。

木木豆、阿布豆、卤豆三人在四人事务所闲来无事，却发现糖豆“离奇失踪”。正当他们焦急之时，糖豆却悄然出现。与此同时，喵呜副警长带来了新案件。在四位侦探的共同努力下，“天台坠楼案”、“名画失踪案”、“江湖术士案”、“神秘绑架案”等案件一一告破。

“潮死了。”网代慎平收到发小——小舟潮的讣告后，回到了阔别两年的故乡——和歌山市日都岛。慎平与亲人朋友重聚，葬礼也顺利地进行着。然而，好友告诉他“潮的死有疑点，可能是他杀”。第二天，邻近的一家人突然全部失踪。与此同时，慎平听说了一个不祥的传闻。“看到与自己一模一样的‘影子’就会被杀。会被影子杀死！”而且，潮的妹妹——澪说“姐姐在去世的三天前看到了影子”？！纪淡海峡的夏日小岛上，跨越时间的科幻悬疑剧即将开幕！